为了解科研机构评估改革的现状，本文采用问卷调查的形式并运用内容分析法和文献研究法对科研机构评估中存在的问题及相关意见建议进行梳理和系统地分析研究。研究发现，目前科研机构评估中存在的问题主要有法人治理结构建设推进缓慢、法人自主权落实不到位、绩效评价制度不完善、评价指标方式单一、评审专家选取使用规范化有待提高等方面。对此，本文结合问卷调查对象提出的相关意见建议，并借鉴国内外先进经验做法和相关文献，提出了深化科研机构评估的系列对策：明确科研机构评估的对象和范围、建立规范的制度并依章程管理、分类开展绩效评价、完善长效评价机制、提升专家库专业化水平和建立全社会监督评估机制等。